R-Type Dimensions III возвращает к войне человечества с Империей Байдо. Биомеханические существа создавались людьми как оружие, но вышли из-под контроля и превратились в угрозу для всей цивилизации. Байдо способны поглощать материю, заражать живые организмы и проникать в обычное пространство из собственного измерения. После нескольких разрушительных столкновений враг начинает новое наступление. Земной космический корпус отправляет в бой истребитель R-90 Ragnarok, которым предстоит управлять именно вам.